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《世医得效方》中，灸法治疗占了针灸部分的十分之九。他受《肘后》、《千金》的影响较大，对阴证、阳证、寒证、热证，多采用灸法。灸治常根据病证和部位而用艾炷灸，艾炷有竹筋大、麦粒大、绿豆大、雀粪大等，并指出“大小以意斟量”。
所灸壮数并不多，多数为7～1壮，仅在俞、募穴和膏肓穴有灸至百壮者。同一穴位灸的壮数也因病而异，例如诸气灸膏肓百壮，而痨瘵灸膏肓仅9壮；又如反胃灸足三里7~9壮；而胃中积热灸足三里30壮。灸法除艾炷灸外，还有隔盐灸、隔蒜灸、隔物灸等。灸治有“以柳枝煎汤洗后灸之”，也有灸后“以温汤浸手帕拭之”等。
危氏施针刺，大多用于实热证。如喉病，“治颊肿及缠喉风等，又气急者，实热针足三里，虚热灸足三里”。又如治疟疾、腰痛、脚气等实邪为患，多用针刺或刺络泻血法。
他取穴少而精。在56个病症中，用穴计个，其中经外奇穴(尺、臣觉、天凭、手疰注、疰市、气端、外陵、神光、天仓、交仪)9个。每个病症仅用1～个穴。
他取穴按脏腑而分经取之。例如诸气：凡上气冷发、脐中雷鸣转叫、呕逆不食，灸太冲；心腹诸病坚满烦痛、忧思结气心痛、吐下食不消，灸太仓；脐下搅痛、流入阴中、发作无时，此冷气，灸关元、膏肓；短气不语，灸大椎、肺俞、脐中；乏气，灸神道。
另有“针灸伤”一节，用内托*芪丸治针灸伤经络脓流不止。由*芪、当归、肉桂、木香、乳香、沉香组成，研末糊丸内服。
临证经验
危氏对56个病症都载有针灸疗法，选录于下：
(一)头面疾患
头痛：灸囟会。
鼻病：灸囟会、通天，左臭灸右，右臭灸左。
口眼?斜：灸耳垂下，左灸右，右灸左。
中风失音：灸天仓(在颈大筋前曲颊下，扶突穴后动应手)、百会。
目痛：灸上星、风池。
目不明：针承泣。
喉病：针风府、少商、合谷、上星；如颊肿及缠喉风等症，实热针足三里，虚热灸足三里：如根脚咽喉常发者，更多内容，